【多组学和临床转化系列】样本少、只有石蜡块，还能做转录组吗？

手头只有几份穿刺组织，或病理科存档的石蜡块，还能开展转录组研究吗？先别急着按“样本少”找方案，要把限制拆开：

• 每份材料量少：比如诊断取材后剩下的一点组织。
• 只有存档石蜡块（FFPE）：即福尔马林固定、石蜡包埋的材料。
• 独立患者例数少：材料可能够测，但可供比较的患者不多。

这三种情况限制的环节不同，解决办法也不同。

情况一：材料少，能测出来就够了吗？

低输入建库，是用较少起始材料制备测序文库。它降低了用量门槛，具体下限仍取决于试剂、材料质量和检测目标。

建库成功，不等于数据足以回答问题。 还要看测序质量、信息覆盖是否充分、噪声是否影响判断。

临床材料往往难以补取。安排检测前，应给关键验证留出材料，避免发现线索后，已经没有组织可用来复核。

情况二：只有石蜡块，先看哪些条件？

固定和包埋会使 RNA 断裂并产生化学修饰。因此，不能只看 RIN，也就是 RNA 完整性指标，还应结合：

• DV200：长度超过 200 个碱基的 RNA 片段所占比例。
• 起始输入量。
• 固定与保存记录。
• 检测平台的具体要求。

适配降解 RNA 的方法，例如某些捕获路线，可以让部分样本用于检测。捕获路线可理解为用探针富集目标序列，但并非所有存档材料都适用。

先核对病理区域和临床资料，再用有代表性的材料试测。别把其他平台的质量门槛直接搬过来。

情况三：患者少，多测些细胞能补上吗？

不能。多测细胞，或增加类器官这类体外培养模型，都不能替代独立患者。

小样本研究要关注结果是否稳定，把结论范围写清、写窄，并规划后续独立验证。患者层面的支持有限，就不宜把探索性线索写成普遍结论。

疾病组是石蜡、对照组是新鲜，能直接比吗？

这时材料类型与疾病分组完全重合，材料差异和疾病差异难以拆开。简单分批分析，也不能解决这一问题。

追加检测前，先判断现有设计还能回答什么。检测可行性与研究结论的可靠性，要分别评估。 对珍贵样本，先把这两件事想清楚，后续安排才有依据。

参考阅读

• Comparative analysis of library preparation approaches for FFPE gene expression profiling and related recommendations. *Sci Rep*, 2025.

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